에큐메니칼 운동의 씨앗은 19세기 선교 운동에 뿌려졌습니다. 다양한 교단의 선교사들이 해외에서 협력하면서 교단 분열의 문제점을 절감했고, '선교지에서는 하나인데 왜 본국에서는 분열되어야 하는가'라는 질문이 일치 운동의 동력이 되었습니다.

1910년 에딘버러 세계 선교 대회는 현대 에큐메니칼 운동의 공식 출발점입니다. 1,200여 명의 대표들이 모여 전도, 선교 협력, 일치를 논의했습니다. 이 대회에서 국제 선교 협의회(IMC)가 창설되었고, 후에 신앙과 직제(Faith and Order), 삶과 사역(Life and Work) 운동으로 발전했습니다.

1948년 암스테르담에서 세계교회협의회(WCC, World Council of Churches)가 창설되었습니다. 초기 44개 교단이 참여했던 WCC는 현재 120개국 350여 개 교단을 회원으로 두고 있습니다. WCC는 신학적 대화, 인권, 환경, 평화 등의 분야에서 교회 일치를 추구합니다.

에큐메니칼 운동에 대한 복음주의 진영의 입장은 비판적입니다. 일부 보수 교단은 WCC가 지나치게 사회-정치적 의제에 집중하고 신학적 타협을 한다고 비판합니다. 이에 대응하여 1974년 로잔 언약(Lausanne Covenant)이 채택되었는데, 이는 복음주의 에큐메니즘의 대헌장으로 복음 전도와 사회적 책임을 모두 강조합니다.