이그나티우스 로욜라(1491~1556)는 스페인 귀족 출신 군인으로, 부상으로 요양하던 중 회심했습니다. 그는 소수 정예의 철저한 훈련과 교황에 대한 절대 복종을 원칙으로 하는 예수회(Society of Jesus)를 창설했습니다. 예수회는 교육 기관 설립과 해외 선교에 주력하여 가톨릭의 아시아, 아프리카, 남미 선교를 주도했습니다.

트리엔트 공의회(1545~1563)는 역사상 가장 긴 공의회로, 총 3차에 걸쳐 18년간 진행되었습니다. 이 공의회는 개신교가 제기한 문제들에 대한 가톨릭의 공식 입장을 정했습니다. 성경과 전통을 동등한 권위로 인정, 라틴어 불가타 성경의 정경성 확인, 칭의론에서 믿음과 선행의 협력 주장 등이 주요 결정 사항이었습니다.

트리엔트 공의회는 교회 내부 쇄신도 다루었습니다. 주교는 자신의 교구에 거주해야 하고, 신학교를 설립하여 성직자를 교육해야 한다는 규정이 제정되었습니다. 이로써 트리엔트 공의회 이후 가톨릭 교회는 미사 전례, 교리교육, 성직자 교육에서 큰 발전을 이루었습니다.

예수회의 선교 사업은 눈부셨습니다. 프란체스코 하비에르는 인도와 일본에 복음을 전했고, 마테오 리치는 중국 베이징 황실에 들어가 천문학과 과학으로 중국 지식인들과 소통했습니다. 이 선교 방식은 현지 문화 적응(accommodation)의 선구적 사례가 되었습니다.